深圳港西部港區(qū)處于珠江口內(nèi)東部礬石水道東側(cè)，水上交通十分便捷，通過珠江三角洲水網(wǎng)可溝通三角洲地區(qū)及港澳，與香港、澳門、廣州的距離都在60海里以內(nèi)，經(jīng)西江聯(lián)系我國西南地區(qū)，船舶經(jīng)香港或珠江通海航道到達國內(nèi)沿海及世界各地港口。現(xiàn)有蛇口、赤灣、東角頭、媽灣、大鏟灣福水及內(nèi)河7個港區(qū)，它們位于珠江口伶仃洋的東岸。

蛇口港區(qū)位于蛇口南頭半島的南側(cè)，在五灣客運碼頭東端至左炮臺山下與赤灣港區(qū)分界處范圍內(nèi)。目前共有500噸級以上深水泊位50個（含非生產(chǎn)性），其中經(jīng)營性萬噸級以上深水泊位21個，集裝箱專用泊位13個，最大靠泊能力散雜貨為7．5萬噸級、集裝箱為10萬噸級。碼頭岸線總長度8179．6米，設(shè)計吞吐能力3252．5萬噸，是深圳市重要的水、陸客貨運輸樞組和設(shè)備齊全、綜合性、多功能的對外開放口岸。

赤灣港區(qū)緊連著蛇口港區(qū)，位于蛇口港區(qū)的西側(cè)，在南頭半島端部左、右炮臺間的赤灣內(nèi)。該港區(qū)由南山開發(fā)股份有限公司開發(fā)建設(shè)。目前共有泊位26個，其中萬噸級以上深水泊位11個，泊位長1405，5米，設(shè)計吞吐能力2139．9萬噸。

東角頭港區(qū)位于蛇口港區(qū)東側(cè)1．5海里，在深圳灣北部的蛇口山腳下，有油碼頭兩個泊位，原貨運碼頭已填海改為其他用途，東角頭為對外開放港區(qū)。現(xiàn)有碼頭岸線389．5米，大小泊位5個。由于城市建設(shè)需要，部分泊位已經(jīng)廢除。油碼頭長度110米，水深3．5米左右，有3千噸級成品油泊位2個，其中1號成品油泊位可接卸液化石油氣。

媽灣港區(qū)位于南頭半島西側(cè)，南自赤灣9號泊位交界處，北至前海灣南岸西端。現(xiàn)有碼頭岸線總長4482米，生產(chǎn)性泊位16個，其中深水泊位12個，年綜合通過能力2549萬噸。

大鏟灣港區(qū)位于珠江口，東接寶安區(qū)中心城區(qū)，北臨深圳國際機場，計劃四期建設(shè)。一期工程建成5個泊位。

福永港區(qū)位于公沙水道東側(cè)，由福永客貨碼頭、深圳國際機場油碼頭及一些小型鄉(xiāng)鎮(zhèn)碼頭組

成。主要功能是機場旅客水路集疏運和機場燃料油的供應(yīng)，兼營集裝箱和雜貨。

內(nèi)河主要有深圳河里的上步碼頭、新洲碼頭及寶安的西鄉(xiāng)碼頭、松崗碼頭、東寶河建材碼頭等深圳河各碼頭由于深港西部大橋的影響，已基本停用。現(xiàn)有碼頭岸線654．7米，大小泊位11個。